Манга делится на 3 части; действие первой из них, «токийской», начинается через 10 лет после реставрации Мэйдзи. Миролюбивый бродячий воин по имени Химура Кэнсин, вооружённый сакабато — мечом с заточкой на обратной стороне, не предназначенным для убийства, — странствует по Японии. В прошлом, во время смутного времени бакумацу, Кэнсин был одним из хитокири, наёмных убийц на службе империалистов, боровшихся против Токугавского сёгуната. Со временем Кэнсин раскаивается в совершённых убийствах и отправляется странствовать, чтобы искупить свои преступления. В Токио он спасает молодую женщину Камию Каору от бандитов, решивших заполучить её додзё, школу фехтования. Каору, несмотря на знание о прошлом Кэнсина, разрешает ему остаться и жить в додзё. Кэнсин устанавливает добрые отношения со многими людьми, включая бывших врагов, и побеждает недругов, старых и новых. Он заводит дружбу с кулачным бойцом Сагарой Сано́сукэ, спасает от якудзы десятилетнего сироту Мёдзина Я́хико и помогает врачу Такани Мэгуми, из страха работавшей на торговца опиумом, избавиться от нежелательного покровителя. Вокруг Кэнсина складывается группа преданных друзей. «Токийская часть» заканчивается, когда на след Кэнсина выходит один из его наиболее грозных врагов — Сайто Хадзимэ, бывший командир третьего подразделения Синсэнгуми. Поединок Сайто и Кэнсина прерывает министр внутренних дел страны, Окубо Тосимити, который сообщает о появлении на политической сцене чрезвычайно амбициозного человека по имени Сисио Макото, планирующего свергнуть правительство Мэйдзи и захватить всю Японию, поставив её под свой контроль. И уже через несколько дней после беседы с Кэнсином министр погибает: его убивает один из помощников Сисио, Сэта Содзиро. Так начинается «киотская часть» манги: Кэнсин в одиночку отправляется в Киото, намереваясь остановить Сисио и его приспешников. Большинство друзей следует за главным героем, чтобы помочь в битве. По дороге в Киото Кэнсин встречает Макимати Мисао, юную участницу Онивабан-сю, отряда ниндзя. Кэнсин принимает помощь Онивабан-сю, завершает обучение у Хико Сэйдзюро, своего учителя, которого покинул много лет назад, и побеждает Сисио в поединке, после чего вместе с друзьями возвращается назад в Токио.
В третьей части у главного героя появляется новый могущественный враг — Юкисиро Эниси, желающий отомстить за смерть своей старшей сестры Томоэ, которая в период бакумацу была женой Кэнсина, но по несчастной случайности погибла от его руки. Эниси и его помощники нападают на близких Кэнсину людей и похищают Каору, мастерски инсценируя её гибель. Кэнсин впадает в отчаяние, однако его друзья выясняют, что Каору жива, и отправляются выручать её. Эниси терпит поражение в битве с Кэнсином и отказывается от мыслей о мести; друзья вместе со спасённой Каору отправляются домой. Со временем Кэнсин обретает истинное душевное спокойствие, женится на Каору и становится отцом её сына Кэндзи.
