Сюжет игры Wolfenstein создано по мотивам мифов о нацистском оккультизме в альтернативной фантастической вселенной: действия игры происходят во время Второй мировой войны в городе Айзенштадт, где присутствует магия и таинственные артефакты древних мифических цивилизаций.

По сюжету игры БиДжей Блажкович (англ. BJ Blazkowicz), американский агент OSA, неизменный главный герой и протагонист всех игр серии Wolfenstein, проводит диверсию на нацистском линкоре Тирпиц, который намеревался запустить на Лондон стратегические ракеты. На линкоре Блажкович воспользовался таинственным магическим тулийским медальоном, магическим артефактом, который создал на короткое время вокруг Блажковича силовое поле. Уничтожив Тирпиц, Блажкович возвратился на базу OSA, однако сразу после этого отправился на следующее задание в Айзенштадт. Именно с прибытия на поезде в Айзенштадт и начинается непосредственно игровой процесс.

Сюжет игры перекликается с сюжетом других игр серии. Так, финальный босс Wolfenstein, Ханс Гросс, также является первым боссом в игре Wolfenstein 3D. Также в игре участвует генерал Вильгельм Штрассе "Тотенкопф" ("Мёртвая голова"), известный по игре Return to Castle Wolfenstein как разработчик Супер-Солдат. Прошедшие события - срыв операции "Возрождение" и программы суперсолдат - упомянуты в нескольких служебных записках в миссиях, предупреждающих об особой опасности главного героя. Также внешний вид тяжёлых пехотинцев немного напоминает броню Супер-Солдат.