Сюжеты большинства игр серии предлагает игроку взять на себя роль доктора Гордона Фримена, который оказывается втянутым в масштабную войну между людьми и высокотехнологичной инопланетной расой, задумавшей поработить Землю.

Игры серии представляют собой шутеры от первого лица, разбавленные решением несложных головоломок (открытие запертой двери, поднятие моста для проезда машины и т. д.). Игры являются линейными и, в основном, основанными на скриптах. То есть появление и поведение врагов или разыгрывание очередной сцены запрограммировано в игре и вызывается в заранее определённый разработчиками момент.

Необычен и оригинален способ подачи сюжета в серии. В отличие от многих других игр, сюжет не раскрывается перед игроком полностью. В игре присутствует всего-лишь одно, так называемое "Внутриигровое видео" - cutscene, т. е. эпизод, в котором у игрока отбирается управление, и на экране происходит развитие сюжета. Не считая начальной и финальной сцены игры Half-Life 1, в конце уровня «Мрачные предчувствия», когда главный герой заходит в одну из комнат, свет «гаснет», в это время слышен звук ударов по человеческому телу, и герой теряет сознание. Вскоре Фримен ненадолго приходит в себя и видит, что солдаты HECU несут его, переговариваясь между собой о дальнейших действиях в отношении Гордона, после чего он вновь теряет сознание. В это время управлять героем невозможно, и, несмотря на «скриптовую» природу, этот момент можно считать cutscene. Чтобы понять всю суть игры, игроку требуется изучать окружающую его обстановку и внимательно слушать диалоги персонажей (то есть игрок получает информацию одновременно с главным героем), чтобы после этого попытаться сложить для себя общую картину мира игры. Главная особенность серии это отсутствие миссий (Игра делится только на главы).