Бэтмену удаётся захватить его злейшего врага — Джокера. Он лично транспортирует злодея в психиатрическую клинику Аркхема, затем почуяв неладное лично участвует в перевозке в его камеру. Его опасения подтвердились, когда клоун при помощи Харли Квин сбегает от охраны и начинает восстание, освободив всех заключённых тюрьмы Блекгейт (которых временно содержат в клинике по причине пожара в тюрьме). Бэтмен теперь заперт в Аркхеме вместе со многими своими заклятыми врагами — Убийцей Кроком, Пугалом, Бичем, Ядовитым Плющом и другими суперзлодеями. Также герой постоянно находит послания от Загадочника.

Джокер запретил полиции и супергероям вмешиваться в его дела, так как он заминировал весь Готэм-сити, поэтому Бэтмену помогают лишь горстка охранников во главе с Джеймсом Гордоном, Аароном Кэшом и Оракулом (Барбарой Гордон). В ходе расследований планов Джокера, Бэтмен узнает о том, что некая доктор Янг, создала новый мутаген на основе «Венома» Бэйна — «Титан», который также делал простого человека невероятно сильным как Бич. Этот проект был тайно финансирован самим Джокером, который хотел создать непобедимую армию.

Бэтмену удается найти и уничтожить формулу; победить Пугало, который хотел отравить новым галлюциногеном канализацию Готэма; одолеть Ядовитого Плюща, Харли Квин, Бича и Крока; решить огромное количество загадок и ребусов Загадочника; найти хроники призрака Амадея Аркхама и остановить взбунтовавшихся заключённых. Чтобы победить Джокера, он сумел воссоздать формулу «Анти-Титан». В финальной битве Джокер превращается, при помощи «Титана», в гигантского монстра, которого Бэтмен должен победить.

После победы Бэтмена срочно вызовут во Второй Национальный банк Готэма, который грабит Двуликий.