Моментально множество сталкеров двинулось к ЧАЭС, «Долг» и «Свобода» начали новое противостояние за новые территории. Однако, всем им, по мере продвижения, пришлось преодолевать сопротивление бойцов «Монолита». На бывшие закрытые территории высадился военный спецназ. Уже вскоре фанатики были оттеснены к Припяти. Группы сталкеров-ветеранов и военные сталкеры, независимо друг от друга начинают штурм города. Вооружённые силы и военные сталкеры приступают к операции «Монолит», бронетехника и десант при поддержке с воздуха должна была закрепиться у блоков электростанции. Кроме отрядов «Монолита», военные столкнулись с чрезвычайно мощными аномалиями, а в ходе решающей стадии операции начинается выброс, в результате операция терпит неудачу. В то же время Стрелок, уже узнавший правду о себе, сумел проникнуть под саркофаг станции, где находился иллюзорный Исполнитель желаний — Монолит. Сталкер вызывает сбой в работе установки, чем привлекает внимание «О-Сознания». Один из его представителей, в виде голограммы, разговаривает со Стрелком, рассказывает о причинах возникновения Зоны, предлагает присоединиться к ним. Стрелок отказывается и после продолжительного боя с монолитовцами уничтожает проект «О-Сознание».
Вопреки его ожиданиям, Зона не исчезла. Энергия ноосферы всё ещё поступала на землю. С отключением крупных пси-установок, силы группировки «Монолит» ослабли, её члены начали выходить из-под контроля, самостоятельно мыслить. Однако ближе к станции сохранялись локальные антенны, и фанатики всё ещё удерживали территории. Припять практически опустела, место людей заняли мутанты. Отряды сталкеров, хлынувшие к центру, сталкивались с новыми, более опасными их видами. Перед постоянными угрозами и малым количеством безопасных мест, группировки поступились своими принципами и договорились не конфликтовать в местах отдыха. Подходящих мест за бывшим Выжигателем оказалось всего два. Первое организовали сталкеры в высохшем русле реки на сухогрузе «Скадовск». На нём установился шаткий мир между одиночками и бандитами. Вторым стало здание вокзала на ж/д станции «Янов», поделенное между группировками «Долг» и «Свобода» во время выброса. Помимо них недалеко от Янова находится новая мобильная лаборатория учёных. Новые территории довольно быстро стали объектом изучения и получения наживы. Почти сразу появляется очередная сталкерская легенда о неком месте, где заживают все раны, «легенда об Оазисе». Заинтересовались тайнами Зоны и многие западные государства. Над её территорией потерпел крушение беспилотный летательный аппарат, принятый многими за НЛО. Высокую активность проявили наёмники, заинтересовавшись работами учёных и секретными лабораториями в Припяти.
