После провала операции «Монолит», Министерство Обороны совместно с СБУ разрабатывает новый план, получивший название «Фарватер». Согласно ему, вертолёты по заранее проложенному пути должны доставить на ЧАЭС военный десант, предназначенный для установления контроля над центральными областями Зоны. Вертолётный отряд «Скат», состоящий из 5 машин, поднимается в воздух для разведки территорий у центра Зоны и берёт курс на ЧАЭС. Однако операция провалилась — ни одна из машин на базу не вернулась. Для их поиска и выяснения причин крушения, СБУ направляет в Зону своего сотрудника, бывшего сталкера, майора Дегтярёва. Как выяснилось позднее, при составлении плана операции не был учтён факт появления новых воздушных аномалий после выброса. Оставшиеся в живых военные отправляются к точке эвакуации в Припяти. Связь не была восстановлена, эвакуация оказалась невозможной, поэтому им пришлось организовать лагерь в здании прачечной. Через некоторое время военных находит Дегтярёв. Ему удаётся восстановить связь и связаться с командованием, попутно он находит множество документов, проливающих свет на многие загадки Зоны. Перед очередным выбросом на военных выходит Стрелок. Он рассказывает о причинах падений вертолётов и просит взять его с собой, так как хочет помочь правительству в борьбе с Зоной. Так как причина падений вертолетов выяснена, эвакуация становится возможной, и сразу после выброса отряд прорывается с боем через Припять к посадочной площадке. Прибывшие вертолёты забирают всех на Большую Землю, где Стрелок становится главным консультантом в НИИ Чернобыльской аномальной Зоны.
