«Чистое Небо»Вместе с территориями, проход к которым открылся после сверхвыброса, открылись и проходы на болота. Выяснилось, что всё это время на них обитала неизвестная ранее группировка, занимающаяся изучением Зоны. Её члены носили небесно-синий камуфляж и называли себя «Чистое Небо». Возглавляли группировку учёные: Лебедев Н. А., Каланча Е. Ф., Суслов В. И., участвовавшие в проектах
«О-Сознания». Они пытаются выяснить причину сверхвыброса и используют при этом спасённого наёмника Шрама. Лебедев выдвигает версию, что случившееся является результатом проникновения неких лиц к центру Зоны, а главной целью становится предотвратить возможный повторный случай любыми способами. По воле случая, из КПК Клыка становится известно про Стрелка, и Шраму было приказано ликвидировать его, наёмник преследует сталкера, но тому удаётся скрыться. Тогда Лебедев решает всей группировкой следовать к ЧАЭС через Лиманск.
«Чистое Небо» с боями прорывается к станции, где уже находится Стрелок. Шраму удаётся отключить его пси-защиту, но ожидаемое не достигнуто. Происходит новый мощный выброс, положивший конец войне группировок.
«Чистое Небо» было почти полностью уничтожено, немногие оставшиеся в живых были подвергнуты вербовке по программе «S.T.A.L.K.E.R.», другие разбрелись по зоне. Согласно программе, агентам «стирают» память и подвергают визуальному зомбированию, внушая конкретную задачу, а затем отправляют ближе к границе Зоны на грузовых автомобилях, которые сталкеры называют «Грузовиками смерти»; но поскольку Зона очень нестабильна, многие агенты не выживают при транспортировке. Стрелок также подвергается зомбированию, на его руке делается татуировка «S.T.A.L.K.E.R.», и он вместе с остальными агентами отправляется к Периметру. Не предполагая, кто он, ему дают задание: «Убить Стрелка».
